Les réactions de ses amis au départ de Kenshin sont variées: Kaoru se morfond ,Yahiko essaye de la secouer par tous les moyens et Sanosuke est furieux que Kenshin soit partit sans l'emmener avec lui pour l'aider. Sano va donc retrouver son ancien acolyte du Sekihotai, Tsunan, a qui il emprunte l'argent nécessaire pour le voyage jusqu'a Kyoto(il lui donne aussi des bombes de sa fabrication ,on dirait que c'est vraiment sa passion les explosifs!).Yahiko est venu pour lui demander de l'aider a rendre le moral a Kaoru mais il a été suivi par Saito qui veut décourager Sano et les autres de venir a Kyoto. Il leur explique que si kenshin est parti sans eux, c'est qu'ils représentent un poids pour lui et qu'il ne pourra pas assurer leur protection si ils l'accompagnent.
Bien évidemment ,Sano ne supporte pas de se laisser insulter et provoque Saito qui accepte le combat pour prouver a Sanosuke que sa force sera insuffisante pour survivre a Kyoto face aux tueurs de Shishio. A mains nues ,Saito surpasse facilement Sano("le poussin" comme il l'appelle affectueusement) mais celui-ci parvient dans un effort de volonté a bloquer le bras de Saito .Le combat s'achève donc sur ce "match nul" et Saito renonce a essayer de convaincre Sanosuke de rester a Tokyo:qu'il vienne a Kyoto si il le désire ,il se fera tuer la-bas... Sanosuke part donc avec la résolution de devenir vraiment fort avant d'arriver a Kyoto si il veut survivre aux combats qui l'attendent.

Pendant ce temps, Kaoru se morfond toujours sur son sort et refuse tout réconfort de la part de ses amis. Megumi qui a été prévenu par Yahiko de la situation arrive au dojo pour la mettre face a la réalité: si elle veut revoir Kenshin elle n'a qu'a aller le rejoindre a Kyoto!Megumi envie Kaoru;elle a des patients dont elle doit s'occuper et c'est Kaoru a qui kenshin tient puisque c'est la seule a qui il ait dit adieu... C'est décidé ,Kaoru et Yahiko vont rejoindre Kenshin a Kyoto en empruntant le bateau pendant que Megumi aura la garde du dojo. A peine sont ils partis que Megumi s' aperçoit de la présence de quelqu'un dans le dojo,qui cela peut-il être?Elle découvre stupéfaite que c'est Aoshi Shinomori le chef d'Oniwaban Shu....
Après s'être entraîné durement il est revenu pour défier Battosai et le tuer. Il menace Megumi de la tuer aussi si elle ne lui dit pas ou il se trouve. Mais c'est Saito, qui se trouvait la, qui lui explique toute la situation:si il cherche Battosai,il le trouvera a Kyoto. Ne sachant quoi faire, Aoshi va se recueillir sur la tombe de ses amis d'oniwaban Shu mais la l'y attendent des hommes de main de Shishio qui lui demandent de rejoindre l'organisation de Shishio. Aoshi refuse et les supprime pour avoir souille le sanctuaire de ses amis defunts .En fait tout cela n'était qu'un test:Soujiro Seta, l'homme de confiance de Shishioi apparaît et lui refait la même proposition .Aoshi refuse a nouveau mais la conversation l'a fait changer d'avis:il se rendra a Kyoto lui aussi pour régler ses comptes avec Battosai.

Pendant ce temps, Kenshin poursuit sa route vers Kyoto;il a choisit le trajet par l'intérieur des terres ,plus long ,car il veut éviter de mêler des personnes étrangères a son combat ,ce qui aurait été le cas si il avait choisit la voie maritime comme Saito. En chemin il rencontre le plus étrange des compagnons de voyages: Misao Makimachi, une jeune fille de 16 ans qui a été élevée par Aoshi et les membres d'Oniwaban Shu(!!).Elle vit a Kyoto chez un vieil homme qu'Aoshi connaissait .Kenshin sauve cette jeune voleuse(y'a plus de jeunesse!) des griffes de yakusas et elle refuse ensuite de le lâcher, surtout quand elle découvre qu'il connaît Aoshi et les Oniwaban Shu. Après avoir tente en vain de la semer, Kenshin accepte qu'elle le suive jusqu'a Kyoto a condition qu'elle reste a distance de lui(au cas ou il serait attaque par les hommes de Shishio).
Justement, ils vont être bientôt en contact avec Shishio:ils rencontrent un homme a l'agonie qui tient dans ses bras son petit frère .Il supplie Kenshin et Misao de l'aider a libérer son village des griffes de Shishio avant de succomber a ses blessures. Kenshin rentre seul dans le village ou il découvre les parents de l'homme qu'il a vu et il a un choc:ils ont été massacres au sabre par Senkaku, le responsable du village après Shishio. Il se retrouve ensuite face a face avec des ninjas sous les ordres de ce même Senkaku qui le menacent de le tuer. Kenshin se prépare a les affronter.

Pendant ce temps, Misao et le jeune frere qui étaient en dehors du village observent Kenshin et ne voient pas le ninja dans leur dos qui s'apprête a les executer. Mais c'est alors qu'apparaît Saito qui le tue sur le champ...

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