L'histoire commence avec Sanosuke qui attend ses amis au dojo Kamiya. Ces derniers sont sortis et il reste seul dehors .Arrive alors un homme qui se présente comme Goro Fujita et qui cherche les habitants du dojo. Sanosuke s'aperçoit vite que cette curiosité n'est pas innocente et que cet homme cherche Kenshin. Le combat entre les deux est inévitable mais Sano est balaye par la vitesse et la force de son adversaire qui lui inflige une profonde blessure a l'épaule avec son sabre (il brise sa lame en l'enfonçant dans l'épaule de Sano, tellement il est puissant).Au retour, les amis ne trouve que les dégâts du combat et Sanosuke inconscient. Heureusement (les choses sont bien faites),Megumi les accompagne et elle peut administrer les soins nécessaires a Sano.
Les éléments sur place au dojo permettent a Kenshin de déduire que l'adversaire de Sano était Haijime Saito, ancien capitaine de la 3° division des Shinsengumi. Aussi, quand il reçoit une lettre de celui-ci lui donnant rendez-vous, il se rend sur les lieux illico. Ce n'est pas Saito qui l'attend mais un assassin sans grande envergure qui s'était arrangé avec Saito pour pouvoir éliminer Battosai. Après s'en être débarrassé ,Kenshin revient au dojo ou l'attend un invite surprise: Saito, qui s'était introduit dans le dojo en profitant de son poste d'inspecteur-adjoint sous le nom de Goro Fujita. Il annonce a Kenshin qu'il aurait pu tuer Kaoru et Yahiko quand il le voulait ,et que Kenshin ne peut pas protéger ceux qui lui sont chers comme il le prétend. Kenshin est furieux de voir que celui qui était un de ses adversaires les plus braves dans le passe est devenu un lâche et un criminel et le combat s'engage. Pour la première fois de la série, Kenshin est nettement domine et la seule façon de tenir le coup est de libérer sa nature profonde d'assassin. Le combat s'égalise mais Kenshin demeure sourd aux appels de Kaoru pour stopper le combat:pour lui et Saito, le combat se déroule a Kyoto dix ans auparavant.

Seule l'intervention du préfet de police permet de mettre fin a ce combat terrible. Nos amis apprennent la vérité: Saito travaille maintenant pour le gouvernement de Meiji comme espion et il avait pour mission de tester la force de Kenshin. Cependant, cet ordre a été donne directement par le ministre de l'intérieur, un ancien patriote lui-aussi(mais l'un des derniers non-corrompus).Il voulait savoir si Kenshin était assez fort pour l'aider a lutter contre Makoto Shishio, celui qui avait succède a Kenshin au poste d'assassin et qui complote maintenant contre le gouvernement depuis Kyoto. Mais il ne veut pas seulement le mettre hors d'état de nuire ,il veut que Kenshin le supprime .Ce dernier demande une semaine de réflexion ,mais le jour prévu , le ministre est assassine par Soujiro Seta, un des hommes de main de Shishio.
Cet événement décide Kenshin: il va accompagner Saito a Kyoto pour arrêter les agissements de Shishio. Il lui reste a accomplir un dernier devoir avant de partir se battre:faire ses adieux a Kaoru. Il part sans se retourner pour voir les larmes de celle-ci....

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