L’histoire commence en 1878 à Tokyo…

Une jeune Kendôka interpelle un vagabond qui viole l’interdiction du port de sabre, elle croit que cet homme est un assassin qui nuit à son école, mais le vagabond ne se défend pas et porte un sabre à lame inversée, elle en conclu donc que ce n’est pas l’assassin qu’elle recherche, c’est alors qu’elle entend un sifflet de policier, elle se rend donc sur les lieu du bruit et se retrouve avec un géant qui s’avère être le vrai tueur Battosaï Himura en prise avec quelques policiers qui semblent en bien mauvaise posture elle se jette donc sur le géant, mais il la repousse contre un mur et se blesse à l’épaule, mais quand le géant est prêt à la tuer le vagabond intervient et la sauve, Battosaï s’enfuit et le vagabond emmène la Kendôka dans son dojo, là bas elle lui apprend son nom : Kaoru et lui explique que son école à perdu tout ses disciples quand ce Battosaï et commencer à sévir, ce faisant passer pour l’un de ses disciples elle lui dit aussi tout en se faisant soigner son épaule par Kiheh son aide au dojo que son père, le fondateur de cette école est mort durant la guerre de la fin de l’ère Edo, le vagabond lui conseil d’arrêter ses investigations vu son état.

Alors que Kaoru se balade en ville avec Kiheh elle rencontre le vagabond qui vient de se faire arrêter par la police pour port de sabre illégal mais Kiheh les corromps et les policiers lâche l’affaire, Kaoru explique au vagabond que Battosaï se trouve au dojo Kiheh-Kan à la sortie de la ville, il s’y rend et découvre que la Kendôka avait raison. Mais pendant ce temps Kiheh avoue à Kaoru que c’est lui qui avait prémédité ses meurtres avec son frère Goheh l' assassin, les deux frère oblige la jeune femme à signé le contrat de vente, car il veulent avoir le dojo, elle se défend mais Goheh l’attrape et son frère lui fait signer le contrat, c’est alors que le vagabond intervient et met à terre tout les gardes des frères le géant attaque alors le vagabond (qui en fait le vrai Battosaï) qui contre son attaque et le met à terre. Kaoru lui demande alors de rester avec elle, il accepte et lui donne son vrai nom Kenshin Himura.

Ensuite, alors que Kenshin et Kaoru font des courses, un homme demande à cette dernière le chemin pour allé à la préfecture de police mais pendant ce temps Kenshin se fait encore arrêter cependant cette fois ci la police armée s’en mêle et leur chef le commissaire adjoint Ujiki incite Kenshin à se battre contre lui, celui-ci accepte quand les hommes de la police armée menace Kaoru et la foule. Pendant ce temps le commissaire discute avec un homme du gouvernement Mr Yamagata quand un policier leur apprend que la police armée se fait tailler en pièce par un expert en sabre qui à une croix sur la joue ils se rendent sur les lieux de l’action et découvre Ujiki en train d’attaquer Kenshin avec sa technique Ninutachi Irazu, mais cette technique n’aboutit en rien et Kenshin le met par terre. Yamagata est venu à Tokyo pour retrouver Kenshin et lui offrir une place importante au sein du gouvernement mais celui-ci refuse prétextant qu’il préfère défendre les gens autour de lui comme Kaoru, les deux amis finissent par rentrer au dojo.

Le lendemain, une foule de badauds se rend au dojo de Kaoru pour devenir disciple de Kenshin, celui-ci refuse et tout les badauds s’en vont ce qui à pour effet de mettre Kaoru en colère et il tente de la raisonner mais arriver sur un pont un jeune garçon dérobe la bourse de Kenshin seulement Kaoru le plaque au sol et lui oblige à redonner la bourse mais Kenshin ne la veut pas prétextant que ce qui est volé est volé, le jeune garçon qui s’avère être Yahiko Myôjin un descendant de samouraï lui jette sa bourse à la tête répliquant qu’il lui avait voler car il faisait le fier avec son sabre.

Un peu plus tard, deux hommes demande à Yahiko, assit dans un champ de leurs donner l’argent qu’il avait voler, mais celui-ci n’a rien volé et refuse de continuer à travailler pour eux, l’un d’eux Gasuké dit « le tueur » se met à le frapper l’autre le prend sur son épaule et ils l’emmène, mais… Kaoru à vu la scène…

Ces deux hommes emmènes yahiko chez Tanishi le chef du groupe Kantô Shûei, ce dernier le force à renoncer à ses origine de samouraï et Gasuké se met à insulter ses parents, ce qui à pour effet de mettre très en colère et il ira même jusqu'à mordre le tueur, celui-ci veut le tuer mais il est empêché par Kenshin qui le met à terre, ce dernier demande à Tanishi de renoncer à Yahiko, Tanishi voyant la moitié de ses hommes à terre et Gasuké accrocher au plafond accepte sans broncher. Arrivé au dojo de Kaoru, Kenshin demande à cette dernière de devenir le maître de Yahiko, elle accepte non sans broncher de même pour Yahiko qui accepte de devenir son disciple sans grande motivation, préférant apprendre les techniques de Kenshin.

Le deuxième jour de son entraînement, Yahiko et manquant et Kaoru ce demande où Kenshin à bien pût lui trouver un disciple pareil, mais Yahiko à tout entendu et recommence à s’engueuler avec son maître. Malheureusement cette dispute est arrêté car des anciens élèves de Kaoru poursuivie par des voyous demande de l’aide à cette dernière, les deux voyous poursuivants arrive à hauteur des jeunes gens et tentent de s’en prendre aux anciens élèves dont l’un deux Hira est blessé à l’épaule mais Kaoru les empêches en les mettant à terre. Ses anciens élèves lui raconte leur histoire à savoir que ces voyous ivres causaient des troubles dans un bar et qu’ils se sont interposés cependant le groupe hishi Nanji Gutentaï arrive en force et Kaoru et ses disciple sont obligé de ce réfugier dans le dojo, à l’intérieur Yahiko explique à Kaoru que se sont en fait ses anciens élèves qui ont causé les troubles. Mais à ce moment le groupe qui à ramené un canon en bois bombardent le dojo et créent une brèche dans laquelle il s’engouffrent, Kaoru pour protéger ses amis se rend au groupe mais Yahiko s’y oppose et tape leur chef celui-ci ordonne de le tuer mais Kenshin revenant des courses intervient Le chef décide alors de tirer sur l’expert en sabre mais celui-ci coupe le boulet de leur canon en deux, le groupe impressionné par la démonstration de force s’enfuit, Kenshin conseil aux deux anciens élève de Kaoru d’arrêter le sabre et de ne plus jamais revenir ici, c’est alors pour ne pas devenir comme eux que Yahiko ce décide à apprendre la technique de Kaoru.

Plus tard Kaoru trouve une encre de chine de son grand père qui était renommé pour ces œuvres elle décide alors de le vendre et pour fêter ça d’aller à l’auberge Akabeko dans celle-ci ils rencontrent des partisans du « mouvement de la liberté et des droits du peuples » ivres l’un d’eux balance une bouteille sur Kenshin qui la reçoit sur la tête Yahiko alors se met en colère et le ton monte entre les trois amis et les partisans, Taé la gérante de l’auberge essaie de calmer ses client mais l’un des partisans la pousse violemment vers le sol heureusement un homme nommé Zanza la retient et se bat avec l’un des partisans, il le met à terre avec une simple pichenette, les autres quand à eux s’enfuit. Zanza part aussi après avoir parlé aux 3 amis et sans payé.

Plus tard on retrouve Zanza qui se fait embaucher par Kiheh et son frère Goheh pour éliminer Kenshin, quelques jours plus tard il décide de se rendre au dojo de Kaoru pour le provoquer en duel, celui-ci accepte mais il s’aperçoit que se sont Goheh et Kiheh qui ont organisés le combat et que ce dernier cache un revolver, les deux combattants décide donc de combattre sur un terrain vague en compagnie de Kaoru, Yahiko, Kiheh et Goheh là bas Zanza leur dévoile son vrai nom, Sanosuké Sagara ainsi que son arme fétiche le Zambatô, celui-ci attaque le premier Kenshin l’esquive et contre attaque, mais visiblement sa contre-attaque ne lui à pas fait grand chose car Sanosuké reste debout.